As Matas Ciliares são florestas ou outros tipos de cobertura vegetal nativa, que ficam às margens de rios, igarapés, lagos, olhos d´água e represas. O nome “mata ciliar” vem do fato de serem tão importantes para a proteção de rios e lagos, como são os cílios para nossos olhos. Na faixa marginal do rio Paraíba do Sul (Área de Preservação Permanente – APP), sob domínio do campus, foi implantada uma mata ciliar modelo de aproximadamente 1200 metros quadrados onde são desenvolvidas práticas de Educação Ambiental. O projeto recebeu autorização do Instituto Estadual de Florestas (IEF), atualmente Inea, para implantação, onde foi realizado reflorestamento com espécies nativas da Mata Atlântica.