Em 2006, o IFFluminense, então Cefet Campos, e a Prefeitura de Quissamã firmaram uma parceria, implantando o Núcleo Avançado Quissamã, cujas aulas do Curso Técnico em Eletrotécnica eram ministradas em uma Escola Municipal.  Paralelo a esse processo, a prefeitura de Quissamã iniciou um projeto de construção de uma sede para abrigar a unidade do Instituto no município.

 Já no primeiro semestre de 2007, iniciou-se a segunda turma do Curso Técnico em Eletrotécnica. No primeiro semestre de 2008, iniciou-se a terceira turma do Curso de Eletrotécnica e, em março de 2010, a primeira turma do Curso Técnico em Segurança do Trabalho e mais uma turma de Eletrotécnica. 

 O Governo Federal transformou o Núcleo Avançado Quissamã em campus Avançado em 01 de fevereiro de 2010 e, posteriormente, em campus, o que garantiu à unidade mais autonomia administrativa e financeira para ampliar suas atividades no município.

 Neste mesmo ano, em 11 de junho de 2010, na semana de comemoração dos 21 anos de aniversário do município, a prefeitura de Quissamã realizou a entrega oficial ao IFFluminense do prédio construído para abrigar a unidade.

 A estrutura, com mais de dois mil metros quadrados construídos, possui capacidade para 1200 alunos, conta com oito salas de aula, laboratórios, biblioteca, além de espaço administrativo e de lazer.