O Campus Bom Jesus do Itabapoana integra, desde dezembro de 2008, os quadros do Instituto Federal Fluminense, por meio da lei nº 11.892, de 29/12/2008 - publicada no D.O.U. em 30/12/2008 -,  e que instituiu a Rede Federal de Educação Profissional, Científica e Tecnológica. Criado em 1970 como Colégio Técnico Agrícola Ildefonso Bastos Borges (CTAIBB), por iniciativa dos governos estadual, municipal e do veterinário bonjesuense Ildefonso Bastos Borges (1918-1970), que visionava criar na região Noroeste Fluminense um polo de pesquisa e ensino em agropecuária e veterinária, foi inicialmente mantido pela Fundação Educacional de Bom Jesus, uma instituição sem fins lucrativos vinculada à prefeitura. O Colégio oferecia os cursos técnicos em agropecuária e economia doméstica rural.

Em 1973, a Fundação Educacional de Bom Jesus e a Universidade Federal Fluminense (UFF) iniciaram contato, na tentativa de firmar um convênio entre a universidade e o colégio, visando ampliar os cursos oferecidos na região, conhecida pelas suas características rurais e pela produção agrícola, além de interiorizar e expandir também a atuação da UFF no estado. Foi então que 1974 o CTAIBB se tornou parte da Universidade Federal Fluminense, vinculado à Unidade Avançada Duque de Caxias e ao Centro Rural Universitário de Treinamento e Ação Comunitária da instituição, conhecido como CRUTAC.

Finalmente, em 1976, o Conselho Universitário da Universidade Federal Fluminense integrou o CTAIBB ao Centro de Estudos Sociais Integrados da sua Faculdade de Educação, transformando o Colégio em um local fundamental de pesquisa universitária e extensão da instituição, estimulando o ensino técnico agrícola, potencializado pela atividade econômica e características sociais da região Noroeste Fluminense. Em 2007, por meio de iniciativa do governo federal e do MEC de interiorizar e reestruturar a educação básica, técnica e tecnológica federal no país com a ampliação dos campi dos Institutos Federais, o CTAIBB recebeu convite do Instituto Federal Fluminense, antigo Cefet-Campos, para integrar-se a ele como campus de ensino básico, técnico e tecnológico, em 2009. 

Atualmente o campus conta com os cursos técnicos integrados ao ensino médio nas áreas de Agropecuária, Alimentos,  Informática, Meio Ambiente e Química, concomitante em Zootecnia, Subsequente em Agropecuária e superiores em Ciência e Tecnologia de Alimentos e Engenharia da Computação, atendendo a uma comunidade diversa no município de Bom Jesus do Itabapoana e municípios vizinhos e próximos a ele na região noroeste do Estado do Rio de Janeiro, no sudeste de Minas Gerais e no sul do Espírito Santo. Hoje, o Campus Bom Jesus do Itabapoana oferece, ainda, cursos para a melhor idade, com o convênio firmado com a Universidade Aberta da Terceira Idade (UNATI); promove cursos de Formação Inicial Continuada (FIC) e de extensão, procurando atender, cada vez mais, a comunidade em que se insere.