Inaugurada em 22 de outubro de 2007, a Unidade de Pesquisa e Extensão Agroambiental (Upea) foi criada com o objetivo de possibilitar o desenvolvimento de atividades de pesquisa e extensão associadas ao sistema do Instituto, especialmente ao Programa de Pós-Graduação em Engenharia Ambiental. Neste eixo original, realizou atividades de pesquisa e extensão no atendimento às demandas regionais, incluindo ações voltadas aos segmentos sociais vinculados à agricultura familiar, especialmente as comunidades pesqueiras e assentamentos rurais da região, como o Programa Certifica Pesca – Operador de Beneficiamento de Pescado. Todas ações foram realizadas em parceria com as prefeituras municipais e representações comunitárias  da região.