A exitosa experiência construída a partir de 2002, por meio de parceria estabelecida, inicialmente, entre o município de São João da Barra e o então Centro Federal de Educação Tecnológica de Campos, CEFET Campos, para a formação de técnicos em turismo, estimulou a inclusão em seu Plano de Desenvolvimento Institucional (PDI – 2004/2008) de novas parcerias com prefeituras no sentido de expandir a formação profissional e a difusão tecnológica, que objetivava ampliar o papel desta instituição de ensino como copartícipe do desenvolvimento local e regional.

 Assim, foi instituído o Programa de Expansão do Sistema CEFET Campos, que consistia em difundir a formação profissional por meio da implantação de Núcleos Avançados em diversos municípios do interior do Estado do Rio de Janeiro. Além do Município de São João da Barra, foram implantados Núcleos Avançados em Arraial do Cabo e Quissamã.

 O CEFET Campos, para implantar o programa, direcionou esforços para aproximar os jovens e adultos trabalhadores de municípios desassistidos da educação profissional e tecnológica, por nossas unidades históricas, sediadas em Campos e Macaé. Dessa forma, pretendeu-se inverter os percursos dos cidadãos na busca de qualificação profissional, isto é, em vez de o cidadão deslocar-se para uma de nossas unidades, a educação profissional e tecnológica estaria disponível mais próxima de sua residência.

 Especialmente o município de São João da Barra, em função da política defendida por seus gestores, produziu diferentes convênios para formação de profissionais técnicos de nível médio, um total de 160 formados, sendo 28 em turismo, no ano de 2006; 47 em informática industrial, no ano de 2009; 43 em logística, e 42 em segurança no trabalho, no ano de 2010.

 Os cursos técnicos de nível médio em Turismo, Informática Industrial, Segurança do Trabalho e Logística iniciaram suas turmas com o apoio das escolas municipais Chrisanto Henrique de Souza, em Barra do Açu; Elysio de Magalhães, em Barcelos e Domingos Fernandes da Costa, na sede do município. Além das escolas, a Subprefeitura de Sabonete também recebeu estudantes.

 A municipalidade de São João da Barra, em parceria com o IFFluminense, resolve dar um passo arrojado no sentido de propiciar aos seus cidadãos uma formação profissional e tecnológica de qualidade. A ação é motivada pelos resultados alcançados com a formação profissional e tecnológica disponibilizada pela instituição no município; pelas palavras do então presidente da República, Luís Inácio Lula da Silva, na inauguração do Campus Cabo Frio, em março de 2009; e também, pelo crescimento econômico e social esperado para a região devido aos investimentos na construção do complexo Portuário do Açu. Para tanto, disponibilizou-se uma área de 90 mil metros quadrados e contratou-se, seguindo a legislação vigente, a construção de uma Escola Municipal de Ensino Técnico Profissionalizante, cuja pedra fundamental foi lançada no dia 28 de abril de 2009. O investimento total para essa realização é de aproximadamente R$7,3 milhões.

 Emergencialmente, para que o processo de formação profissional e tecnológica não sofresse descontinuidade, o município de São João da Barra contratou a implantação de uma unidade pré-moldada, composta por duas salas de aulas, dois laboratórios de informática, uma sala de desenho, salas administrativas e refeitório. A inauguração desta unidade, onde funcionava o Núcleo Avançado São João da Barra, aconteceu no dia 04 de julho de 2011 e o início das aulas dos cursos técnicos de nível médio em Metalurgia e em Eletromecânica no mês agosto. Com o advento da oferta do Programa Nacional de Acesso à Educação Profissional e Emprego (Pronatec) e o Programa Mulheres Mil, esta unidade foi ampliada em 2012 para acolher novas turmas.

Ao mesmo tempo, o governo municipal e o IFFluminense deram continuidade ao processo de implantação da futura sede do campus. Em 10 de junho de 2014, o governo federal autorizou o funcionamento do Campus avançado São João da Barra por intermédio da Portaria nº 505/2014.

 O Campus Avançado São João da Barra tem por objetivo ofertar educação profissional técnica de nível médio, formando cidadãos e profissionais éticos, que se reconheçam como sujeitos na defesa da vida dentro da dinâmica do mundo do trabalho, visando ao desenvolvimento econômico-social pleno do território de sua abrangência.

 Na atual sede, são ofertados Cursos Técnicos Integrados ao Ensino Médio, quais sejam: Curso Técnico em Transporte Aquaviário Integrado ao Ensino Médio e Curso Técnico em Petróleo e Gás Integrado ao Ensino Médio. Também, o curso Técnico em Eletromecânica, que é concomitante. Além disso, a partir de agosto de 2017, o Campus Avançado São João da Barra iniciou a oferta do curso de Eletricista e Instalador Predial de Baixa Tensão, na modalidade FIC (Formação Inicial e Continuada do Trabalhador).

 Em Maio de 2024 o Campus São João da Barra passa a ser um campus pleno em sua estrutura e poderá implantar novos cursos, inclusive superiores, ampliando o escopo da verticalização do Ensino indicado nos IF´s. A mudança na tipologia de IF Campus Avançado para IF Campus foi autorizada pela Portaria nº 411 do Ministério da Educação - MEC.

Atualmente, o campus conta com 450 alunos matriculados entre os cursos técnicos integrados e qualificação profissional e 38 servidores (25 docentes e 13 administrativos).